Verksamheten vid Läkemedelsverkets är huvudsakligen uppdrags- och avgiftsfinansierad enligt beslut av riksdag och regering. Detta regleras av Förordning (2010:1167) om avgifter för den statliga kontrollen av läkemedel.
Avgifter tas till exempel ut vid ansökan om marknadsföringstillstånd (så kallad ansökningsavgift), ändring i utfärdat tillstånd (så kallad tillkommande avgift) och varje år som ett av verket godkänt läkemedel finns på den svenska marknaden (så kallad årsavgift).
Ansökningsavgifterna och årsavgifterna täcker Läkemedelsverkets totala kostnader för godkännande och efterkontroll av produkter.
Bidrag erhålls från staten för producentoberoende läkemedelsinformation och för medicintekniska produkter.