Utöver de generella regelverken om ekonomisk styrning och myndigheternas befogenheter och skyldigheter, beslutar regeringen om förutsättningarna för Läkemedelsverkets verksamhet. Det sker dels i årliga så kallade regleringsbrev och dels genom förordningar.
I regleringsbreven står det bland annat vilka mål Läkemedelsverket ska uppnå med sin verksamhet, vilka finansiella resurser myndigheten har till sitt förfogande och hur dessa ska fördelas mellan de olika verksamheter.
I förordningarna finns olika generella administrativa bestämmelser för hur myndigheterna ska utföra sitt arbete.