Den vanligaste orsaken till att läkemedel avregistreras är låg försäljning. Avregistreringen sker då på företagets initiativ. Andra, mer ovanliga, grunder till avregistrering av läkemedel kan vara tillverkningsproblem eller upptäckt av allvarliga biverkningar hos läkemedlet.
I de fall då Läkemedelsverket bedömer att produkten är viktig att ha kvar på marknaden informeras företaget om Läkemedelsverkets bedömning. Läkemedelsverket har dock ingen möjlighet att tvinga ett företag att kvar en produkt på marknaden.
Avregistreringar aviseras med olika lång framförhållning. I vissa fall får Läkemedelsverket ansökan om avregistering flera månader i förväg, i andra fall sker det med mycket kort varsel.
Det är vanligt att tillverkaren av läkemedlet går ut till vårdgivare med information om avregistreringen, i vissa fall med hänvisningar till ersättningspreparat. I speciella fall publicerar Läkemedelsverket särskild information inför avregistreringen, till exempel i fall då patienter som använder läkemedlet behöver sättas in på behandling med ett nytt läkemedel.